Importante - Ao se conectar você verá uma lista de pastas. Cada uma delas tem uma função em seu plano. Não remova as pastas nem envie seus arquivos ainda.
Antes de Enviar seus arquivos você deve acessar a pasta correta. Dependendo de seu plano ela pode se chamar public_html ou httpdocs. Você irá encontrar uma delas.
Localize a pasta public_html ou a httpdocs na área Pastas de Seu Plano e clique nela para acessa-la.